本文是一篇医学论文，本研究旨在探讨半胱氨酸蛋白酶抑制剂SN（Cystatin SN，CST1）在早期肺腺癌（Lung Adenocarcinoma，LUAD）中的表达特征及其临床意义，分析CST1的生物学功能及其与肿瘤免疫微环境的关系，为早期LUAD的诊断和免疫治疗提供理论依据。
1材料和方法
1.1数据获取和处理
1.1.1 UCSC
泛癌数据来自UCSC Xena平台（https://genome.ucsc.edu/）的泛癌数据集TCGATARGET GTEx（PANCAN，N=19131，G=60499），该数据集已经进行统一标准化处理[120]。使用R软件（版本4.3.2）中R包“stats”，采用非配对的Wilcoxon秩和检验及符号秩检验筛选不同生物状态下显著差异表达的基因。提取ENSG00000170373（CST1）在各样本中的表达数据，并筛选以下样本类型：Solid Tissue Normal、PrimarySolid Tumor、Primary Tumor、Normal Tissue、Primary Blood Derived Cancer-BoneMarrow及Primary Blood Derived Cancer-Peripheral Blood[120]。为确保数据质量，剔除表达值为零的样本，并对每个表达值进行log2(x+0.001)转换以满足统计分析的对数正态分布假设条件；同时为保证统计可靠性，剔除单个癌种中样本数少于3的情况，最终获得33个癌种共计17,893个样本的表达数据用于后续分析。
1.1.2 TCGA
使用R包“TCGAbiolinks”（版本2.28.3）[121]、“SummarizedExperiment”（版本1.30.2）[122]和“easyTCGA”（版本1.0.0）从TCGA数据库（The Cancer Genome Atlas，癌症基因组图谱）[123]下载了肺腺癌（lung adenocarcinoma，LUAD）相关数据，包括RNA-Seq转录组表达数据（HTSeq-Counts格式）、患者临床信息及正常组织数据。数据获取日期为2024年5月31日，数据版本为TCGA最新发布版本。首先根据AJCC第8版分期标准筛选病理分期为I期和II期的早期LUAD样本，共获得408例早期肿瘤样本和43例配对正常样本。对RNA-Seq count数据采用TMM（Trimmed Mean of M-values）方法进行标准化处理，并根据数据分布特征进行log2(counts per million+1)转换以满足后续统计分析需求。
1.2泛癌分析
利用第1.1.1部分获得的UCSC泛癌数据，对33个癌种中的CST1表达模式进行全面分析。对各癌种的正常样本与肿瘤样本进行比较时，根据数据特性采用非配对的Wilcoxon秩和检验评估统计显著性，显著性水平设为P<0.05。为减少多重检验带来的假阳性，采用Benjamini-Hochberg方法计算校正后的FDR值。结果使用R包“ggplot2”（版本3.4.2）绘制箱线图展示各癌种中CST1的表达差异，箱线图中位线表示中位数，箱体上下边界分别代表第一和第三四分位数，触须延伸至1.5倍四分位距内的最大最小值，离群点以单独的点标识[125]。
2结果
2.1泛癌分析显示CST1在不同类型的肿瘤中表达异常
为了评估CST1的泛癌表达模式，我们使用TCGA与UCSC数据库联合分析了33种不同类型癌症的mRNA表达谱。结果显示，CST1 mRNA在29种癌症类型中表达显著升高，包括乳腺浸润癌(BRCA)、肺腺癌(LUAD)、食管癌(ESCA)、胃食管交界癌(STES)、结肠癌(COAD)、结肠癌及直肠癌(COADREAD)、前列腺癌(PRAD)、胃癌(STAD)、头颈鳞状细胞癌(HNSC)、肺鳞癌(LUSC)、肝细胞肝癌(LIHC)、甲状腺癌(THCA)、直肠腺癌(READ)（P＜0.05）等（图1-1），其中LUAD P＜0.001。
2.2早期LUAD数据获取与整理
GSE30219队列85名早期肺腺癌患者的临床数据，具体如下表（表1-4）。
2 结果 .......................... 24
2.1 泛癌分析显示CST1在不同类型的肿瘤中表达异常 ................. 24
2.2 早期LUAD数据获取与整理 ................... 25
2.3 CST1在早期LUAD组织中高表达并与更好的预后有关 .......... 28
3 讨论 .......................... 37
结论 .............................. 41
1 结论 ..................................... 41
2 不足和展望 .......................... 41
3讨论
肺癌，尤其是非小细胞肺癌，是全球主要的癌症死亡原因之一。早期NSCLC（约占40-45%）通常通过手术切除治疗，但术后复发率高，5年生存率随阶段变化显著。统计数据显示，ⅠA1、ⅠA2、ⅠA3期患者5年的生存率分别为92%、83%、77%；IB期患者5年生存率为68%；ⅡA期患者的5年生存率约60%；而IIB期患者5年生存率下降至53%[5]。尽管手术仍是早期NSCLC的主要治疗手段，但高复发率和不理想的长期生存结果凸显了开发新型辅助治疗策略的紧迫性。近年来，免疫治疗显著改善了晚期肺癌患者的生存，其在新辅助/辅助治疗中的应用潜力备受关注。免疫检查点抑制剂（ICIs）如帕博利珠单抗和阿替利珠单抗在晚期NSCLC中的成功应用，推动了其在早期疾病中的探索。KEYNOTE-091是一项国际多中心、随机、三盲的III期试验，旨在评估帕博利珠单抗（PD-1抑制剂）对比安慰剂作为完全切除术后的IB-IIIA期非小细胞肺癌患者的辅助治疗疗效及安全性。结果显示，帕博利珠单抗可显著延长IB-IIIA期非小细胞肺癌患者的DFS，其中，帕博利珠单抗组中位DFS为53.6个月（95%CI:39.2-NR），安慰剂组中位DFS为42.0个月（95%CI:31.3-NR）[138]。IMpower010研究则证实阿替利珠单抗在辅助治疗中显著改善PD-L1≥1%的II-IIIA期NSCLC患者DFS（HR=0.66，95%CI:0.50-0.88；P=0.0039），中位随访时间32.2个月时，全部II-IIIA期患者DFS改善（HR=0.79，95%CI:0.64-0.96；P=0.020），意向治疗（ITT）人群（IB-IIIA期）DFS也有所改善（HR=0.81，95%CI:0.67-0.99；P=0.040）[9]。与此同时，靶向治疗通过精准抑制致癌驱动因子（如EGFR突变）展现显著疗效。ADAURA研究显示，接受奥希替尼治疗的患者与安慰剂相比，DFS显著延长，局部和远处复发风险降低，中枢神经系统相关的DFS改善，且安全性一致[139]。然而，对于缺乏明确驱动基因的早期肺腺癌患者，现有治疗策略效果有限，因此亟需发现新的生物标志物以指导个体化治疗。
结论
1结论
1.早期肺腺癌组织中CST1表达水平明显升高，并且CST1较高的早期肺腺癌患者有更好的预后。
2.通过整合临床特征以及CST1的表达，构建早期肺腺癌列线图模型，并且模型具有较高的长期预后预测能力。
3.CST1可能通过影响免疫调节、免疫微环境在早期肺腺癌中发挥作用。
参考文献（略）
